اتهمت الحكومة المصرية تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني المتهم بالارتباط بتنظيم القاعدة بالوقوف وراء التفجير أمام كنيسة القديسين بالإسكندرية. وبينما نفى التنظيم الاتهام المصري وأكدت حماس أن الموساد وراء الحادث عرضت الحكومة المقالة بغزة استعدادها للتعاون مع مصر من أجل كشف ملابسات الحادث.