في تناوله لظاهرة الإسلام السياسي يميّز إسماعيل بين مرحلتين الأولى مرحلة الصراع مع الإسلام, أسماها تخليص الإسلام من المسلمين، والمرحلة الثانية هي مرحلة الصراع على الإسلام وُسميت بتحوّل النخبة من المفاضلة بين الإسلام وغيره من الأنساق تجسدت في تخليص الإسلام من الإسلاميين.